OA软件主要是进行企业基础信息化建设，管理企业内部审批流程、文档等信息，将企业从传统的办公模式中解放出来，告别手工操作。OA在逻辑上较为简单，易于操作，能较快推行。另外，OA投资风险较低，企业承担的风险较小。
项目管理系统对于项目型企业而言，用于管理企业的核心业务，能将业务的过程规范化，有利于企业业务运营管理水平的提高，帮助企业决策者实时了解业务经营情况。由于涉及到企业的核心业务，所有项目管理系统较OA而言在逻辑上更加严谨，需要根据企业的需求进行配置，才能符合企业的业务管理要求。所以，在操作上，项目管理系统需要进行一定的需求梳理与实现，以及必要的培训用户才能使用。而且，较长时间的时间和经历投入，也需要投入更多的成本，所以企业承担的风险也更大。
所以，推荐企业在选择管理软件时，可以先上OA功能，等到员工养成良好的信息化意识和操作习惯，再考虑推广项目管理软件，这样不仅实施效果好，而且还能在一定程度上为企业规避风险。
当然，如果能选择一体化管理系统，在实施上进行分期规划，不仅可能规避风险，更重要的是，能够实现数据的互联互通，避免多套系统带来的信息孤岛。