目前我国政府投资项目存在的主要问题是"投建管用综合症"，即政府管理、投资主体、建设单位、使用单位含混不清，造成"管理交叉"与"管理真空"并存，缺乏从决策论证、建设实施、资金拨付、后期评估的全过程管理，由此产生一系列的问题。

　　1、决策机制不完善。目前我国政府投资项目决策方式主要是，个别领导说了算，善于争取多要点，形象工程突破程序加紧干，资金不足普撒胡椒面。这样的决策方式，缺乏综合、长远和战略的规划考虑，难以做到正确把握投资机会、全面进行项目比选、科学论证可行方案，造成投资重点不突出，综合效益难显现。

　　2、投资主体缺位，管理主体模糊。一般的竞争性领域的投资项目，其投资主体十分明确，而政府投资项目由于其资金来源姓"公"，其投资主体看似明确，实质上是投资主体缺位。而在政府投资项目的管理上又表现为"各自为政，多头管理"，"各负其责"又"不知谁最后负责"，实质上是管理主体模糊。

　　3、管之过多与失之过宽并存。政府投资项目与非政府投资项目有很大的差异，其中最核心是，非政府投资项目由于其资金来源为社会自有资金，具有内在的投资决策和风险约束机制；而政府投资项目由于其资金来源为财政或公共性资金，容易出现争要积极、投资无度等现象，这决定了对政府投资项目的管理方式不仅是外部监管，同时要建立内在的投资决策和风险约束机制。而目前我国政府投资项目与非政府投资项目的管理方式类同。它限制了一般企业性投资主体的投资自主权和积极性，弱化了政府投资项目的规范运作和监管力度。造成了对企业等民间投资为主体的经济性、竞争性项目"管之过多"，而对政府投资项目又"失之过宽"。

　　4、项目法人责任制有待完善。项目法人责任制作为我国基本建设领域三项改革制度之一，1996年国家计委制定了《关于实行建设项目法人责任制的暂行规定》。从近几年实行的情况来看，项目法人责任制对建立投资责任约束机制、提高投资效益起到了一定的作用，但仍存在一些问题。一是项目法人责任制弹性太大，缺乏刚性约束力。二是非经营性基础设施项目的法人一般由原单位各部门派遣管理人员组成，项目法人责任制与《公司法》有冲突，多数项目法人都不是公司。三是项目法人责任制实质上是行政领导责任制。四是项目法人先天不足，不具备民事法律关系主体资格，难以控制工程质量和工程成本，合法利益无明确来源。

　　5、监管不力导致投资失控甚至腐败。由于绝大多数政府投资项目属于无收益或非盈利的公益性项目，没有增殖保值、还本付息的压力，各方参与者似乎都希望投资额越大越好，多多益善，因此极易导致投资虚增，总额失控。决策部门以完成投资量为政绩，项目设计部门以投资额的比例计取设计费，施工单位以虚增的投资额谋取更大的利润，心术不正者更是大做钱权交易文章。各自为政、分散管理的模式，极易造成决策失误或监督失效，形成投资"黑洞"并滋生腐败现象。

　　6、工程质量难保证，资源投入浪费多。政府投资项目种类繁多，具有很强的专业性和综合性，建设过程中需要进行质量控制的环节很多，非专业部门管理效果不佳，工程质量难以保证。另外，由于非专业部门对基本建设行政审批程序和项目周期不是很熟悉，难以科学控制建设工期，常常出现超工期现象。而且这种管理模式还造成资源重复配置，管理成本上升。

　　7、投资项目后评估缺失。目前我国的政府投资管理项目，基本处于"重建设、轻管理，少论证，无评估"的状况。这一状况在相当程度上影响了投资决策水平的提高、项目管理水平的提升，以及项目的事后控制和监督作用的发挥。